殼聚糖酶在工業(yè)上可用于殼寡聚糖（Chitooligosaccharides，簡稱COSs）的制備，由于COSs較好的水溶性，更利于人體吸收，因而COSs在食品工業(yè)中上可作為添加劑；COSs在醫(yī)藥、診斷試劑等方面有著非常誘人的前景，特別是聚合度在5、6的COSs更是具有較強的抗感染、抑制腫瘤的活性；COSs具有抗菌作用，能對植物病原菌產(chǎn)生拮抗作用，誘導(dǎo)植物產(chǎn)生抗菌物質(zhì)。但是利用化學(xué)合成方法生產(chǎn)COSs（尤其是具有較強生理活性的殼五糖和六糖）非常困難，產(chǎn)率低、生產(chǎn)成本較高且易污染環(huán)境，而使用專一性的殼聚糖酶通過降解生產(chǎn)COSs卻有著高效、環(huán)保等有點，因此利用殼聚糖酶生產(chǎn)COSs已經(jīng)成為目前研究應(yīng)用的熱點。

殼聚糖酶是一種RP蛋白，可以提高植物的抗病能力。同時利用殼聚糖酶降解一些真菌細胞壁，用以鑒定細胞壁的精細結(jié)構(gòu)，可以更有效的防治病原菌，提高農(nóng)作物產(chǎn)量。因此殼聚糖酶可以作為農(nóng)業(yè)應(yīng)用中的生物控制劑。