非氧化型殺菌劑是通過改變微生物的個別基團，抑制生物活性達到殺菌的作用，非氧化型殺菌劑具有高效、廣譜、低毒、藥效快而持久、滲透力強、使用方便。非氧性殺菌滅藻劑有致毒劑的作用，使微生物的酶系統失去活性，破壞細胞的新陳代謝，破壞細胞壁，細胞膜或其它特殊部位，使細胞失活，達到殺菌作用。可以彌補氧化劑的不足。

非氧化型殺菌劑通常是氯酚類、季銨鹽類的非氧化性化合物。非氧化性殺菌滅藻劑的殺生作用有一定的持久性，對沉積物或黏泥有滲透、剝離作用，受硫化氫、氨等還原物質的影響較小，受水中PH值影響較小。

非氧化型殺菌劑適用于電廠、化工、化肥、煉油、冶金等工業循環冷卻水系統作殺菌滅藻和粘泥剝離之用，還具有一定的緩蝕作用。尤其對于油田注水的殺菌效果尤佳。在紡織行業中，它可以防止滌綸高速紡絲油劑的腐敗，具有很好的殺菌作用。在日常處理過程中，一般是用氧化殺菌劑作為連續投加藥劑，抑制微生物的生長，間歇投加非氧化殺菌劑以殺除那些產生抗藥性的微生物。

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