農業微生物時代即將來臨，微生物菌劑在農業中的應用將更加廣泛。
微生物菌劑是解決傳統農業所帶來問題的最好的解決辦法。其實傳統農業的種植問題根本上是人為干擾了自然的平衡規律，導致各種問題的發生，而能夠解決這些問題的根源在于解決微生物菌系的平衡。

傳統農業種植習慣，增加了有害微生物菌的產生，而降低了有益微生物菌的數量，在更改掉一些不好習慣的同時，補充相應的有益微生物菌，便可以解決當下的很多農業問題。
其一，補充枯草芽孢桿菌、蘇云金芽孢桿菌、哈茨木霉菌等多種有益微生物。
枯草芽孢桿菌可以增加作物的抗逆性并且固氮，還能改良土壤環境，抑制有害菌繁殖；蘇云金芽孢桿菌用于生物殺蟲劑。
其二，重茬可使用微生物菌進行土壤的改良，從而達到抗重茬的效果。
有益微生物菌有固氮解磷解鉀的作用，從而調節土壤營養，改良土壤，微生物菌可降解農藥殘留，從而解決土壤積毒的問題；其次有益微生物的增加會抑制有害微生物的生長繁殖，從而減少病害菌，減少病害。
其三，有益微生物可降解大量使用的化肥，進而轉化為植物所容易吸收的養分，以此提升化肥的利用率，減少大量使用化肥對土壤的破壞，解決土壤板結酸化鹽堿化的問題。
其四，微生物菌是生糞發酵的主要作用物，可使用微生物菌提前對生糞進行腐熟發酵后再使用到土壤中，從而避免生糞對土壤及植物的損害。
其五，微生物菌可降解土壤中的中微量元素，從而促進植物對中微量元素的吸收。
其六，微生物菌可降解農藥殘留和土壤中的重金屬，從而提升農作物的品質。

微生物菌劑是利用有益微生物培養制成的一種活菌制劑，重點是“有益”和“活的”。大自然中存在多種多樣的微生物，也存在菌群平衡，有益微生物菌是良好狀態的維護者，就如同腸胃中的乳酸菌一般，是一種提升健康的菌。
微生物菌劑在使用過程中雖然無法替代化肥以及農藥（特別是在病蟲害的爆發期，農藥可快速控制病情，而微生物菌要通過一段時間的作用才可產生作用，所往往需要線控制情況，再使用微生物菌進行改良），但微生物菌有其獨特的作用，它所帶來的土壤的生態平衡會使植物增加抗病抗逆性，從而減少病蟲害。也就是講使用微生物菌劑要以預防病蟲害為主，而不是要等爆發以后再進行使用。打個比方講微生物更像是中藥，農藥更像是西藥，一個在于調節從根上預防，一個講求效果快，但損害也大。